Das Haus Savoyen verkaufte die Herrschaft Grasburg an die beiden Städte/Stände Bern und Freiburg. Von da an ist es eine so genannte Gemeine Herrschaft. Im Fünfjahresrhythmus regieren entweder die Berner oder Freiburger Vögte in der Grasburg. Weder der eine noch der andere Kanton wollte dieses Gebiet unterstützen, weil dies sonst dem anderen von Nutzen hätte sein können. Neben der geografischen Lage im Voralpengebiet (800 bis 1200 m ü. M.) und der verkehrsfeindlichen Lage (Sense- und Schwarzwassergraben) trug dieses Regime massgeblich zur Verarmung des Schwarzenburgerlandes bei.
Verwaltungszentrum der Gemeinen Herrschaft war bis 1575 die Grasburg, ab 1576 residierten und regierten die Vögte im neuen das Schloss in Schwarzenburg, für das auch Baumaterial von der Grasburg wiederverwertet wurde, was zum raschen Zerfall der Burg beitrug.
Die meisten Bauern waren der Herrschaft Grasburg abgabepflichtig, sei es in Naturalien (Zehnten), mit Geldzinsen und Frondiensten. Einkünfte besassen zudem das Kluniazenserkloster in Rüeggisberg und der Deutschritter-Orden in Köniz, der auch den Kirchensatz von Wahlern innehatte. Der Getreidezehnten bestand vor allem aus Dinkel und Hafer, zudem mussten grössere Höfe auch Schweinsschultern und Käse liefern. Die Landvögte wurden hier nicht reich; es gab Jahre mit kalten Wintern und nassen Sommern, in denen kaum etwas abgegeben werden konnte.
Die Landvögte wechselten alle 5 Jahre, in den bernischen Vogteien alle 6 Jahre. Bern hatte in der Herrschaft Grasburg Vorrechte (Präeminenzrechte), deshalb wurde das Schwarzenburgerland um 1530 reformiert. Geld, Mass und Gewicht waren bernisch. Der Landschreiber (Landschribery auf dem Bühl in Schwarzenburg) musste immer ein Bernburger sein. Kredite holte man sich in Bern, selten in Freiburg. Deshalb ist die Geschichte von Schwarzenburg eine bernische Geschichte.